Rooney dilahirkan di Croxteth, Liverpool dan merupakan anak kepada pasangan Thomas Wayne dan Jeanette Marie Rooney (née Morrey). Beliau adalah berketurunan Ireland dan dibesarkan sebagai seorang yang beragama Katolik di Croxteth bersama dengan adiknya Graeme dan Johnketiga-tiga mereka bersekolah di De La Salle School Beliau dibesarkan dengan menyokong kelab tempatan beliau iaitu Everton. Wira zaman kanak-kanaknya adalah Duncan Ferguson.